Die Fresken über der Galerie hinter der Kreuzung in der Bucht der Oberkirche zeigen den unverwechselbaren Stil von Jacopo Torriti, der von Papst Nicholas IV für die Mosaikdekoration der Apsidentribune von San Giovanni Laterano (1291) und Santa Maria Maggiore (1296) in Rom gewählt wurde. Die Fresken in Assisi sind früher als die römischen Mosaiken, wie aus ihrem altmodischen Ansatz zur Darstellung des Raumes deutlich wird. Das dekorative Programm im Kirchenschiff besteht aus dem Freskenzyklus Legend of St. Francis, der von Giotto unter der Galerie am unteren Teil der Wand gemalt wurde, und Episoden aus dem Alten Testament über der Galerie im Lager an der Nordwand und Episoden aus dem Neuen Testament an der Südwand. Einige dieser Szenen sowie der Tresor mit der Deesis wurden von Torriti und seinen Assistenten bemalt. Das Bild zeigt die Dekoration an der Nordwand (rechts vom Eingang).